Le 6e régiment du génie a pour mission principale d’appuyer la manœuvre amphibie de la 9e BIMa en aménageant des plages et en vérifiant leur non pollution. Il est à ce titre régulièrement embarqué sur les navires de la Marine nationale.
Par ailleurs, le régiment possède les compétences d’appui à l’engagement dans un milieu spécifique (confiné ou urbain) avec en permanence une capacité de lutte contre les engins explosifs. Les sapeurs de marine sont également en mesure de mettre en œuvre ou de détruire des obstacles.
Enfin, ils interviennent dans d’autres domaines d’action comme le franchissement d’une barrière naturelle, l’organisation du terrain ou encore l’appui au déploiement des unités dans un contexte opérationnel (appui énergie et d’infrastructure).